Actuellement, la BCB opère dans les agences ci-dessous :

- Agence principale du Siège (1922)

- Ngozi (1967)

- Kayanza (1977)

- Rumonge (1981)

- Gitega (1983)

- Muyinga (1988)

- Gihofi (1989): agence transformée en guichet avec l'ouverture de l'Agence de Rutana le 07/01/2012.

- Kirundo (2001)

- Orée du Golf (2005)

- Chaussée Rwagasore (2007)

- Ruyigi (2007)

- Rugombo (16/01/2009)

- Place de l’Indépendance (22/4/2010)

- Buyenzi (09/07/2010)

- Kinanira (16/07/2010)

- Nyanza-Lac (18/03/2011)

- Centenaire (20/12/2011)

- Rutana (07/01/2012)

- Karusi (13/01/2012)

- Makamba (30/11/2012)

Mais elle dispose également de cinq guichets :

- Guichet au Port de Bujumbura

- Guichet à la Brarudi.

- Guichet Kigobe (dans la Station Kigobe City Oil, en face du Campus Universitaire de Kamenge)

- Guichet dans les enceintes du BNUB

- Guichet dans les enceintes du SEP